- Na terugkeer van zijn tweede reis naar Rome werd het Willibrords taak het door Friezen verwoeste Utrechtse kerkje van koning Dagobert I te herbouwen. Hij bouwde twee kerken op het huidige Domplein, de plek van het vroegere Romeinse castellum. Het herbouwde kerkje werd opnieuw gewijd aan de heilige Martinus van Tours, de schutspatroon van de Frankische koningen. De tweede, nieuwe kerk werd gewijd aan Sint Salvator, waar de relieken werden ondergebracht die hij uit Rome had meegenomen. Op het Domplein liet hij ook een klooster bouwen met een school.

 - Willibrord reisde in de herfst van 690 met elf of twaalf gezellen, onder wie Werenfried van Elst, via het huidige Katwijk, bij de monding van de Rijn, naar Friesland om het voorbeeld te volgen van Jezus Christus die rondtrok om zijn boodschap te verkondigen. Maar Willibrord landde in werkelijkheid bij de Scheldemonding, de oude grens tussen het Frankenrijk en Frisia. Willibrord begon daar met zijn kersteningsmissie van de Friezen, die zich soms tegen de kerstening hadden verzet.
- Van daaruit bezocht Willibrord een groot gebied dat zich uitstrekt van de Lauwerszee tot België en Luxemburg toe.

Verering
- Al gauw na zijn dood werd Willibrord in Echternach als heilige vereerd. Zijn graf groeide uit tot pelgrimsplaats, zodanig dat in 800 de bescheiden Merovingische kerk al plaats moest maken voor een grotere Karolingische kerk van 60 meter lang met drie zijbeuken. Er zijn twee hagiografieën over hem geschreven, de eerste rond 795 door Alcuin en de tweede, 300 jaar later, door Abt Thiofrid. Deze verhalen onder andere legendes en noemen wonderen rond Willibrord zodat hij aanzienlijk aan roem en verering won in de Europese kloosters aan deze kant van de Alpen. De Willibrordsputten en bronnen die zijn bekeringswerk op zijn "peregrinatio" markeerden, bezocht men ter genezing van zenuwaandoeningen, vooral die van kinderen. Vandaag nog dragen veel kerkparochies in België, Nederland en langs de Beneden- Rijn (Niederrhein), die verbonden waren met het klooster van Echternach, de naam Sint-Willibrordus. Een voorbeeld daarvan zijn de parochies Berchem, Eersel, Deurne en Bakel, waar gronden en goederen aan Willibrord werden geschonken
In de reliekenschat van de Dom van Utrecht bevonden zich in 1525 relieken van bisschop Willibrord, bestaande uit fragmenten van zijn vlees, botten, kazuifel en schoeisel, bewaard in een met fijn linnen omwikkeld en met N gemerkt etui. Sinds 2002 vindt er weer een jaarlijkse processie in Utrecht plaats waarbij een reliekschrijn met enkele delen van het gebeente van Willibrord wordt rondgedragen door de stad.
Er zijn veel kerken en scholen genoemd naar Willibrord. Ook het Nederlandse dorp Sint Willebrord is naar hem genoemd, alsmede een waterput in het Zeeuwse Zoutelande.